福建在上古时代原为越族人的属地。越人身体矮小、短面、鼻形广、眼睛圆而大，习惯傍水而居、善于驾舟行筏、有“断发纹身”的习俗。秦在福建设置闽中郡是第一个在福建设立行政机构的中国政权，但秦王朝并未能对福建实施直接管辖，福建地方政权作为秦的实际藩属国而存在。
汉高帝五年(西元前202年)，汉朝刘邦封越王勾践的后代无诸为闽越王，封福建为闽越国,其形式仍为藩属国，都城设于东冶。余善在武夷山城村修建闽越王城。
汉武帝元封元年(前110年)，派大军攻打闽越国，在占领闽越国都城后焚毁城池宫殿，举国迁往遥远的长江淮河一带内地，此后三百年间闽地人文断层。越人北迁，汉人取而代之成为福建新主人。东汉末年汉人逐渐聚集，于建安元年在今福州市设侯官县，此为福建并入中国版图的开始。
三国时期，福建属东吴，北方汉人移民福建逐渐增多，遂设置建安郡，出现了福建历史上第一个城镇——晋安(即今之福州)。
魏晋南北朝梁时期，建安郡先后分设为晋安、建安、南安三个郡。汉人移民有8个姓氏较多：林、黄、陈、郑、詹、邱、何、胡。
隋朝废三郡置泉州，后又改为建安郡。 唐玄宗开元二十一年(733年)，设福建经略使(军区长官职称)，始出现“福建”之名。
中国历史上的五代十国时期，福建独立,王审知兄弟设立闽国，后来为南唐所据，区划名称几经变迁。
宋朝置福建路，统辖六个州(福州、建州、泉州、南剑州、漳州、汀州)与两个军(邵武军、兴化军)。元世祖至元十五年(1278年)，设福建行中书省于泉州，三年后省会迁福州。
南宋时，泉州发展成国际著名的港口，市内形成大批外国侨民(主要是阿拉伯人和波斯人)定居的居留地“蕃坊”，当年留下的清真寺一直保留至今。
明朝置福建布政使司后，又改路为府。宋代的六州两军以及后来改称为八个路或八个府的区划建制(“八闽”的由来)。 在明代，倭寇经常袭扰福建，政府宣布海禁，福建正常的海上贸易受阻。明末清初1645年(清世祖顺治二年)7月19日唐王朱聿键，在福州(福京天兴府)登基，年号隆武。1646年10月6日被清军俘虏。此后，国姓爷郑成功家族以“延平郡王”之姿，先后以厦门和台湾为基地继续抵抗清军大约40年之久。
清朝时福州是与古琉球国首都(现日本冲绳县那霸市)通航贸易的指定口岸。清代，在福建本土，增设了福宁府和龙岩州、永春州。
清圣祖康熙二十二年(1683年)施琅占领台湾，台湾郑氏王朝灭亡。并被清政府划入福建省版图。直到清德宗光绪十二年(1886年)台湾才单独设省。1895年的《马关条约》台湾主权交予日本，直到1945年第二次世界大战结束，日本放弃台湾主权。
1842年的《南京条约》将厦门和福州辟为通商口岸，向外国商人开放。1902年在厦门还开辟了鼓浪屿公共租界。在洋务运动中，左宗棠开办福州船政局及船政学堂，成为近代中国海军的摇篮。
1883年，中法战争期间，法国袭击了马尾军港。 福建还是近代西欧传教士人数最多也最活跃的省份。
辛亥革命后，历届政权均设置福建省。1933年，19路军兵变，福州成为中华共和国临时首都。
多山的福建在近代一直未能修建铁路(直到1956年建成鹰厦铁路)，因而阻碍了该地区经济的发展以及与中国其他地区的联系。
1949年国共内战后，福建省分属中华人民共和国与中华民国(金门,马祖地区)政府进行实质管辖，双方的行政区划中也都设有福建省,中华民国福建省已虚级化。
